Você não pode usar o Django normal com django-mongodb-engine .

django-mongodb-engine requer o Django-nonrel pacote a ser instalado, em vez do Django normal, que é várias versões menores por trás da versão atual do Django oficial (1.10 ).

Se você quiser usar o django oficial com o MongoDB e receber uma camada do tipo ORM, sua melhor aposta é provavelmente Mongoengine que funciona com a versão oficial do Django.