Você pode usar a notação de ponto e o
$
operador de projeção posicional para fazer isso:db.test.find({Form_Id: 1, 'Function.Function_Id': 2}, {_id: 0, 'Function.$': 1})
retorna:
{"Function": [{"Function_Id": 2, "Role": [{"Role_Id": 2, "UserId": ["Admin", "005"]}]}]}