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Mongodb converte vários objetos em uma matriz, no local, permanentemente


Você pode tentar abaixo do pipeline de agregação em 3.4 versão.

A agregação abaixo altera as lojas documento incorporado em uma matriz de pares de valores-chave usando $objectToArray seguido por $map para gerar a matriz transformada com o novo campo, mantendo todos os campos existentes.

Atualização em massa para escrever a nova estrutura de lojas. 
var bulk = db.getCollection(col).initializeUnorderedBulkOp();
var count = 0;
var batch = 1;

db.getCollection(col).aggregate([
{"$match":{"store_affiliation.stores":{"$ne":{"$type":4}}}},
{"$addFields":{
  "stores":{
      "$map":{
        "input":{"$objectToArray": "$store_affiliation.stores"}, 
        "in":{
           "store_code":"$$this.k", 
           "role":"$$this.v.role", 
           "startdate":"$$this.v.startdate", 
           "enddate":"$$this.v.enddate", 
           "permissions":"$$this.v.permissions"
         }
      }
    }
}}]).forEach(function(doc){ 
    var _id = doc._id; 
    var stores = doc.stores; 
    bulk.find({ "_id" : _id }).updateOne(
      { $set: {"store_affiliation.stores" : stores} }
   ); 
    count++;  
    if (count == batch) { 
        bulk.execute(); 
        bulk = db.getCollection(col).initializeUnorderedBulkOp(); 
        count = 0;
    } 
});

if (count > 0) { 
    bulk.execute(); 
}