Você pode executar vários processos mongod na mesma máquina em portas diferentes e apontar para diferentes diretórios de dados e torná-los parte do mesmo conjunto de réplicas.

http://www.mongodb.org/display/DOCS/Starting +e+Parando+Mongo

mongod --dbpath c:/data1 --port 12345 --replSet foo

mongod --dbpath c:/data2 --port 12346 --replSet foo

e, em seguida, conecte-se a um dos processos do mongod usando o console do mongo e adicione inicie o conjunto de réplicas usando as instruções descritas aqui:

http://www.mongodb.org/display/DOCS/Replica+ Conjuntos+-+Básicos