A principal diferença é que os armazenamentos de documentos (por exemplo, MongoDB e CouchDB) permitem documentos arbitrariamente complexos, ou seja, subdocumentos dentro de subdocumentos, listas com documentos etc., enquanto os armazenamentos de colunas (por exemplo, Cassandra e HBase) permitem apenas um formato fixo, por exemplo. dicionários estritos de um ou dois níveis.