Você pode trocar usando o índice de matriz. Primeiro encontre-o e troque-o.
db.myCollection.find().forEach(function(doc){
db.myCollection.update({_id: doc._id},
{$set: {"geo.0": doc.geo[1], "geo.1": doc.geo[0]}})
})
db.myCollection.find().forEach(function(doc){
db.myCollection.update({_id: doc._id},
{$set: {"geo.0": doc.geo[1], "geo.1": doc.geo[0]}})
})