você pode colocar vários estágios $lookup, então você pode usar uma consulta como esta (não foi possível testá-la, mas deve funcionar) Mas você deve evitar várias junções, lembre-se de que o MongoDB não um banco de dados relacional...
db.Order.aggregate([
{
$lookup:{
from:"City",
localField:"City Key",
foreignField:"City Key",
as:"lsg"
}
},
{
$unwind:"$lsg"
},
{
$lookup:{
from:"Employee",
localField:"Salesperson Key",
foreignField:"Employee Key",
as:"lsg2"
}
},
{
$unwind:"$lsg2"
},
{
$project:{
"_id":1,
"Employee":1,
"Salesperson Key":1,
"City":"$lsg.City"
}
}
]);