Depende do tipo de atualizações que você está fazendo. Se essas atualizações aumentarem seu documento (array push ou similar), então sim, você terá alguma fragmentação. Atualizações in-loco ($inc) não fazem com que o documento seja movido (sem fragmentação).

A propósito, não é fragmentação em si, mas sim algum espaço desperdiçado. Ou seja, se o documento for movido para um novo local, seu antigo local não será reutilizado.