Para o CouchDB, recomendo ler este artigo sobre Relacionamentos de Entidade.

Uma coisa que eu observaria no CouchDB é ter cuidado ao tentar "normalizar" um modelo de dados não relacional. O armazenamento baseado em documentos oferece uma grande flexibilidade e raramente é a melhor ideia abstrair tudo em tantos "tipos de documentos" quantos você possa imaginar. Muitas vezes, é melhor deixar muitos de seus dados no mesmo documento, a menos que você tenha casos claros em que existam entidades separadas.

Um caso de uso comum de relacionamentos muitos-para-muitos é implementar a marcação. Existem artigos sobre os diferentes métodos que você pode usar para fazer isso no CouchDB. Pode se aplicar às suas necessidades, pode não, mas provavelmente vale a pena ler.