Atualmente, não há como filtrar documentos incorporados da maneira que você está descrevendo. O uso da notação de ponto permite que você faça a correspondência em um documento incorporado, mas o documento inteiro, pai e tudo, ainda será retornado. Também é possível selecionar quais campos serão retornados, mas isso também não ajuda muito no seu caso.

Temos um caso de "coleções virtuais", que implementaria a funcionalidade desejada; sinta-se à vontade para votar nele:

http://jira.mongodb.org/browse/SERVER-142

Enquanto isso, você provavelmente deve tratar os comentários como uma coleção própria. Em geral, se você precisar trabalhar com um determinado conjunto de dados por conta própria, faça dele uma coleção. Se for melhor concebido como parte de algum outro conjunto, é melhor incorporar.