em palavras simples:

• size refere-se à alocação lógica (isso é visto pelo mecanismo de banco de dados)
• storageSize refere-se à alocação de espaço físico no arquivo

Como o WT (WiredTiger) é usado, com a compactação de dados habilitada, a alocação física é menor devido à compactação

db.collection.storageSize

db.collection.stats