Isso não é suportado na versão atual (v2.0) do mongoimport, mas deve chegar em breve. Você pode conferir o ticket do JIRA aqui, programado para a v2.1:

• Os nomes dos campos pontilhados devem produzir objetos aninhados no mongoimport

Até então, se você puder traduzir seus dados CSV para JSON, poderá usar mongoimport --type json para importar os dados aninhados.

EDITAR: Este recurso foi lançado agora e está disponível em 2.8.0-rc0