Estou surpreso que esta pergunta ainda não tenha sido respondida. E embora isso possa não ser a resposta exata que você está procurando, aqui está minha opinião sobre as coisas. Descobri que usando a segunda abordagem, MongoFactoryBean , é a melhor abordagem.

Simplesmente porque há mais opções de configuração. Por exemplo, se você deseja definir um Exception Translator, pode fazê-lo facilmente com MongoFactoryBean .

Se bem me lembro, e posso estar errado, o MongoFactoryBean é para conveniência de MongoDbFactory . Ou seja, adiciona outra camada de abstração.

Em suma, vá com a segunda abordagem.