Atualizar um campo indexado no mongodb causa uma atualização do índice (ou índices, se você tiver mais de um) que o utiliza. Não "reindexa". Não deve ser tão caro - efetivamente, você excluirá a entrada antiga e inserirá uma nova.

Este documento tem uma quantidade razoável de detalhes sobre os índices do mongodb:

http://docs.mongodb.org/master/MongoDB-indexes-guide .pdf

BTW, lembre-se de que existe um campo especial, _id, que o mongodb usa como chave primária

Você não pode atualizar o campo _id.