O MongoDB não garante _id exclusivo campos em estilhaços quando usado como uma chave composta.

A documentação afirma:

Então, se você quiser que o mongo imponha a exclusividade do e-mail, basta usar o e-mail como a chave de fragmentação.

Um endereço de e-mail tem alguma aleatoriedade, o que é bom (_id tem alguma previsibilidade embutido), mas sugiro que você use o campo de e-mail como um chave de fragmentação com hash .