Há muitas maneiras de fazer o que você está pedindo. Você tem que saber algumas coisas sobre os dados primeiro. Quantos documentos terá um documento B?

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  Parece um caso em que você deseja que a Coleção A tenha um campo de itens com documentos B. Há um limite de 16 MB para isso, mas para a maioria dos casos funciona bem.
  
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  Mantenha uma contagem em A com o número de registros B inseridos. (Ou seja, toda vez que você inserir um B você $inc o campo em A). Você então faria um índice no campo de contagem para A e faria sort({count: -1})