É mais provável que você não tenha motivos para se preocupar. A maior parte da RAM usada pelo mongodb é simplesmente cache do sistema de arquivos e o sistema operacional tem controle total sobre esse cache, ou seja, pode liberar memória se necessário por outro processo.

Por padrão, com o MongoDB 3.4, o maior de "256 MB ou 50% menos 1 GB do total de RAM" é reservado para o cache do WiredTiger, e essa é a única parte que não pode ser liberada pelo sistema operacional.

Portanto, é improvável que você veja problemas ao executar tarefas cron ou algo assim. Contanto que nenhum de seus processos seja morto pelo "assassino de falta de memória (OOM)", você não ficará sem RAM.