Você pode usar a agregação abaixo:
db.col.aggregate([
{
$unwind: "$marks"
},
{
$project: {
_id: 1,
name: 1,
marks: {
$objectToArray: "$marks"
}
}
},
{
$project: {
_id :1,
name: 1,
total_marks: {
$reduce: {
input: "$marks",
initialValue: 0,
in: { $add : ["$$value", "$$this.v"] }
}
}
}
},
{
$group: {
_id: "$_id",
name: { $first: "$name" },
total_marks: { $sum: "$total_marks" }
}
}
])
Como suas marcas são armazenadas como um objeto, você deve usar $objectToArray para obter uma variedade de assuntos. Então você pode usar $reduce para somar todas as disciplinas para um aluno.