Não existe uma "melhor" maneira de consultar, pois realmente dependerá de suas necessidades específicas, mas... você não pode realizar uma única consulta em várias coleções (além do $lookup função de pipeline de agregação em versões posteriores, como você já sabe).

Você precisará fazer várias consultas:uma para sua post coleção e um para o seu comment coleção.

Se você deve execute uma única consulta e, em seguida, considere armazenar os dois tipos de documentos em uma única coleção (com alguma propriedade de identificador para permitir que você filtre em postagens ou comentários, em sua consulta).