Consegui corrigir o erro puxando o repositório do github, editando bson.h , e fazendo uma node-gyp rebuild nele.

Aparentemente, o erro é causado por uma opção de compilação que não é suportada por dispositivos ARM.Caso alguém esteja interessado:

1. Git clone repositório aqui:https://github.com/mongodb/node-mongodb-native
2. Abra ./node-mongodb-native/node_modules/bson/ext/bson.h
3. Alterar #define USE_MISALIGNED_MEMORY_ACCESS de 1 para 0
4. faça uma node-gyp rebuild para recompilar a biblioteca.

Isso funcionou para mim.