Você pode adicionar a pontuação com esta declaração:
db.userscores.update(
{ "name": "John Doe", "levels.level": 1 },
{ "$push": { "levels.$.hiscores": 75 } } )
Isso não classifique a matriz, pois isso só é suportado se os elementos da matriz forem documentos.
No MongoDB 2.6, você pode usar a classificação também para arrays que não são de documentos:
db.userscores.update(
{ "name": "John Doe", "levels.level": 1 },
{ "$push": { "levels.$.hiscores": { $each: [ 75 ], $sort: -1, $slice: 3 } } } )