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Spring Boot + consulta de ID do MongoDB


Bem, eu mesmo encontrei a resposta. Volte para o id minúsculo para que findById funcione e adicione a seguinte classe ao projeto:
@Configuration
public class SpringDataRestConfiguration extends RepositoryRestConfigurerAdapter  {

    @Override
    public void configureRepositoryRestConfiguration(RepositoryRestConfiguration config) {
        config.exposeIdsFor(Resource.class);
    }
}

Como o nome do método sugere, essa configuração faz com que os objetos da classe Resource exponham seus ids em JSON.

ATUALIZAÇÃO:Se você estiver usando a versão mais recente ou relativamente mais recente do spring-boot, o RepositoryRestConfigurerAdapter classe foi preterida, e o java-doc sugere usar a interface RepositoryRestConfigurer diretamente.

Então seu código deve ficar assim:
@Configuration
public class SpringDataRestConfiguration implements RepositoryRestConfigurer  
...