Eu me deparei com o mesmo problema e finalmente descobri que isso não é possível no momento, e que a equipe do Azure CosmosDb está trabalhando em uma solução, com uma tentativa de lançamento no primeiro mês de 2019
https://feedback.azure.com/forums/263030-azure-cosmos-db/suggestions/34813063-cosmosdb-mongo-api-delete-many-with-partition-ke
Espere e veja :(
