Você pode simplesmente armazenar os tipos e subtipos em uma matriz como esta:
doc1 = {
"_type": ["animal"],
"name": ...
}
doc2 = {
"_type": ["animal","dog"],
"name": ...,
"barkFile": ...
}
doc3 = {
"_type": ["animal","dog","poodle"],
"name": ...,
"barkFile": ...,
"haircut": ...
}
Usando este modelo, a consulta
db.data.find({_type:"dog"}) retorna doc2 e doc3. 
