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Filtre arrays duplicados e retorne o array exclusivo na agregação do mongodb

db.collection.aggregate([
  {//Denormalize first level
    "$unwind": "$newList"
  },
  {//Second nested level
    "$unwind": "$newList.newPMBList"
  },
  {//Deep nested last level
    "$unwind": "$newList.newPMBList.newPMList"
  },
  {
    $group: {//Grouping back
      "_id": null,
      "newList": {
        $push: "$newList.newPMBList.newPMList"
      }
    }
  },
  {
    $project: {//Finding unique
      newList: {
        $setUnion: [
          "$newList",
          "$newList"
        ]
      }
    }
  }
])

Eu sugiro que você inclua outros campos usando first acumulador em group e preservá-los em project .

Você pode simplificar ainda mais como abaixo
db.test.aggregate([
  {
    "$unwind": "$newList"
  },
  {
    "$unwind": "$newList.newPMBList"
  },
  {
    "$unwind": "$newList.newPMBList.newPMList"
  },
  {
    $group: {
      "_id": null,
      "newList": {//addToSet keeps distinct
        $addToSet: "$newList.newPMBList.newPMList"
      }
    }
  }
])

Além disso, compre ignorando uma desnormalização, mas retorna uma matriz de matrizes.
db.test.aggregate([
  {
    "$unwind": "$newList"
  },
  {
    "$unwind": "$newList.newPMBList"
  },
  {
    $group: {
      "_id": null,
      "newList": {
        $addToSet: "$newList.newPMBList.newPMList"
      }
    }
  }
])

Se você pular outro nível, ele adicionará mais um nível aninhado no resultado.