Você pode usar a notação de ponto em suas chaves de consulta para fazer isso, usando o
$exists
operador para apenas verificar a existência:db.test.find({'files.IyzkmGh4YGD61Tc3TJjaEY17hDldH': {'$exists': 1}})
Para encontrar todos os documentos que contêm esses arquivos e removê-los:
db.test.update(
{'files.IyzkmGh4YGD61Tc3TJjaEY17hDldH': {'$exists': 1}},
{'$pull': {'files': {'IyzkmGh4YGD61Tc3TJjaEY17hDldH': {'$exists': 1}}}},
multi=True)