Acontece que eu estava usando o GLOB do CMake errado.
Mudando
target_link_libraries(App ${COMMON_LIBRARIES})
para
target_link_libraries(App ${LIBMONGOCXX_LIBRARIES} ${LIBBSONCXX_LIBRARIES})
corrigiu o problema.
target_link_libraries(App ${COMMON_LIBRARIES})
target_link_libraries(App ${LIBMONGOCXX_LIBRARIES} ${LIBBSONCXX_LIBRARIES})