Você precisa acessar o driver ruby do MongoDB para fazer isso.
Se estou entendendo a pergunta corretamente, o comando exclude do Mongoid faz um AND quando você está procurando um OR entre as cláusulas $ne e não há método para isso.
Isto é o que você deseja no shell:
find({$or: [{flagged: {$ne: true}}, {saved: {$ne: true}}]})
Em ruby, essa consulta se parece com isso:
query = {"$or" => [{"flagged" => {"$ne" => true}}, {"saved" => {"$ne" => true}}]}
Se bem me lembro você pode dizer:
Model.collection.find(query) onde a consulta é o documento que defini acima e deve funcionar. 
