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Como projetar valores atualizados apenas usando findOneAndUpdate na matriz incorporada Mongoose?


você pode usar array.find() assim:
const updatebookSource = (sourceId, userId, bookId) => {
  User.findOneAndUpdate({ _id: userId, "books._id": bookId }, up, filter).exec(
    (err, doc) => {
      if (err) throw err;
      let res = doc.books[0].ratings.find(rating => {
        return rating.source === sourceId;
      });

      console.log(JSON.stringify(res, null, 1));
    }
  );
};

Isso retorna o objeto atualizado. Deixe-me saber se funciona.