Para pessoas que vieram aqui usando PHP7 , as classes foram renomeadas:
MongoDate
agora é MongoDB\BSON\UTCDateTime
Também descobri que isso agora quer milissegundos em vez de segundos , portanto, multiplique sua entrada por 1000, por exemplo:
$date = new \MongoDB\BSON\UTCDateTime(strtotime('yesterday') * 1000);