A resposta é sim e não.

Do MongDB baixar página ou build-from-source página, ele tem apenas versões x86 e x64 disponíveis, todas voltadas para processadores Intel/AMD.

Dependendo da arquitetura de CPU em que o Windows IoT está sendo executado,

• Se for um ARM baseado como raspberry pi, você não pode executar o MongoDB diretamente, a menos que possa construir o código-fonte direcionado a AnyCPU.
• Se for baseado em Intel como MinnowBoard Turbot Dual Core Board, tecnicamente, você pode executar o MongoDB. No entanto, devido ao fato de o Windows IoT ser uma versão mínima do Windows Core, você pode ter problemas ao perder algumas bibliotecas de dependência.

Portanto, em ambos os casos, não vejo que você possa fazer isso com facilidade, até que tenhamos esforços oficiais ou da comunidade para portar o MongDB para o Windows IoT, pelo qual estou realmente ansioso.

Se você estiver usando o Windows IoT para aplicativos baseados em nuvem, poderá optar por bancos de dados do Windows Azure.