Como parece que você está consultando apenas por
_id Acredito que você possa fazer:db.NotificationA.findOne({"tag.$id": ObjectId("blah")});
No entanto:
DBRefs não são JOINs, eles são meramente um
_id auto-descritivo no caso de você não conhecer a coleção de vinculação, ele criará um objeto auxiliar para que você não precise codificá-lo no lado do cliente. Você pode encontrar mais sobre DBRefs aqui:http://docs.mongodb.org/ manual/applications/database-references/
Basicamente você pode consultar os subcampos dentro do DBRef do mesmo documento, ou seja:
DBRef.$_id mas você não pode, no lado do servidor, resolver esse DBRef e consultar os campos resultantes. 
