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Como $ setDifference em array e objeto usando o Mongo DB


Você precisa corrigir essa segunda agregação e obter todos os UPIDs como uma matriz. Para conseguir isso, você pode usar $cond e com base em $type retorne uma matriz ou use $objectToArray para executar a conversão, tente:
db.Groups.aggregate([
    {
        $project: {
            students: {
                $cond: [ 
                    { $eq: [ { $type: "$members.regularStudent" }, "array" ] },
                    "$members.regularStudent",
                    { $map: { input: { "$objectToArray": "$members.regularStudent" }, as: "x", in: "$$x.v" } }
                ]
            }
        }
    },
    {
        $unwind: "$students"
    },
    {
        $group: {
            _id: null,
            UPIDs: { $addToSet: "$students" }
        }
    },
    {
        $project: {
            members: {
                $setDifference: [ userProductUPIDs , "$UPIDs" ]
            },
            _id : 0
        }
    }
])