O MongoDB inclui um criador de perfil simples. Veja aqui:http://www.mongodb.org/display/DOCS/Database+ Perfilador

Se você definir o nível de criação de perfil como 2, todas as consultas serão gravadas na coleção "system.profiler" para que você possa dar uma olhada. Se você definir o nível de criação de perfil como 1, apenas as consultas lentas serão gravadas (por padrão, elas são definidas como consultas mais lentas que 100ms, mas este é um parâmetro configurável).

Para diagnosticar consultas lentas, a funcionalidade "explicar" também é muito útil. Veja aquihttp://www.mongodb.org/display/DOCS/Explain

Uma vez que você sabe quais consultas são lentas, você pode usar o explain para descobrir qual índice o banco de dados está usando (ou não).