Você não deve chamar ->close() em cada iteração. Se você chamar close, você diz ao driver para não reutilizar uma conexão persistente. Se você executar isso em um loop apertado, o sistema operacional ficará sem portas para usar, pois todas estão no estado TIME_WAIT.

O driver PHP usa conexões persistentes, e se (sem chamar ->close) você executar "new Mongo" em um loop apertado como no seu exemplo, o driver não fazer novas conexões e reutilizar a já existente.