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MongoDB - operador $setIsSubset não funciona com o estágio $match


Você deve usar $expr se você quiser usar $setIsSubset (que é uma expressão) dentro de $match :
db.test.aggregate([
    {
        $match: {
            $expr: {
                $setIsSubset: [["hello", "you"], "$words"]}
            }
        }
])

Para versões do MongoDB inferiores a 3.6 você pode usar $redact :
db.test.aggregate([
    {
        $redact: {
            $cond: {
                if: { $eq: [ { $setIsSubset: [["hello", "you"], "$words"]}, true ] },
                then: "$$KEEP",
                else: "$$PRUNE"
            }
        }
    }
])