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Como atualizar o documento incorporado no MongoDB com o Doctrine ODM


Se você quiser usar o queryBuilder use isso
$dm->createQueryBuilder('Page')
    ->update()
    ->field('page.pageComment')->set( <$newupdatePageCommentObj> )
    ->field('id')->equals('<matchedId>')
    ->getQuery()
    ->execute();

Ou Quando você gera setters e getters para uma variável de membro EmbedMany, ele gerará funções de membro adicionar e remover dentro de sua classe. então, no seu caso, serão funções-membro:
public function addPageComment(type_hint_with_your_pageComment_document $pageComment )
{
    $this->pageComment[] = $pageComment;
}
public function removePageComment( type_hint_with_your_pageComment_document $pageComment )
{
    $this->items->removeElement( $pageComment );
}

Então você pode usar a função addPageComment() que irá adicioná-lo se não existir e irá atualizá-lo se já estiver lá.