Infelizmente, não é possível atualizar todos os documentos na matriz agora - veja o ticket MongoDB JIRA Use o operador posicional para atualizar todos itens em uma matriz .
Você pode atualizar cada documento manualmente:
db.MyDB.find({}).forEach(function(doc) {
doc.myArray.forEach(function(item) {
if (item.b === true)
item.b = false;
});
db.MyDB.update({ "_id": doc._id }, { "$set": { "myArray": doc.myArray }});
});