Pergunta nº 1 :Por que precisa estar em Java? Você pode simplesmente agendar o mongo ... comando acima para ser executado via cron?

Pergunta nº 2 :É possível implementar através do driver Java?

O driver Java pode executar comandos Map/Reduce. Você terá que copiar o texto javascript em seu código Java em algum lugar, mas se estiver trabalhando a partir do driver, tudo poderá ser feito lá.

Na verdade, uma das ideias por trás dos drivers é que eles estão apenas emitindo comandos de banco de dados como o shell. Então você deve ser capaz de fazer tudo do shell OU do Java.