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Pesquisa do MongoDB quando o campo estrangeiro é uma matriz


Você pode usar $lookup com pipeline personalizado que lhe dará 0 ou 1 resultado e, em seguida, use $size para converter uma matriz em um valor booleano único:
db.reports.aggregate([
    {
        $lookup: {
            from: "users",
            let: { report_id: "$_id" },
            pipeline: [
                {
                    $match: {
                        $expr: {
                            $and: [
                                { $eq: [ "$name", "Mike" ] },
                                { $in: [ "$$report_id", "$favorites" ] }
                            ]
                        }
                    }
                }
            ],
            as: "users"
        }
    },
    {
        $project: {
            _id: 1,
            name: 1,
            favorite: { $eq: [ { $size: "$users" }, 1 ] }
        }
    }
])

Alternativamente, se você precisar usar a versão do MongoDB inferior a 3.6, você pode usar o $lookup normal e, em seguida, use $filter para obter apenas os usuários em que name é Mike :
db.reports.aggregate([
    {
        $lookup: {
            from: "users",
            localField: "_id",
            foreignField: "favorites",
            as: "users"
        }
    },
    {
        $project: {
            _id: 1,
            name: 1,
            favorite: { $eq: [ { $size: { $filter: { input: "$users", as: "u", cond: { $eq: [ "$$u.name", "Mike" ] } } } }, 1 ] }
        }
    }
])