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Atualizando item na matriz com ID exclusivo


Consulte os documentos para atualizar uma matriz. Seu código deve ser algo como:

servidor
Meteor.methods({
  'content.update.lastModified': function(contentId, peerId) {
    check(contentId, String);
    check(peerId, String);

    var selector = {_id : id, 'Peers.uniquePeer': peerId};
    var modifier = {$set: {'Peers.$.lastModified': 'Now'}};
    Content.update(selector, modifier);
  }
})

cliente
Meteor.call('content.update.lastModified', contentId, peerId);

Observe que esse tipo de operação precisa ocorrer em um método definido pelo servidor porque, como você descobriu, você só pode atualizar documentos por id no cliente.