Basicamente, isso é o mongo se preparando para a inserção de dados. O Mongo realiza a pré-alocação de armazenamento de dados para evitar (ou minimizar) a fragmentação no disco. Essa pré-alocação é observada na forma de um arquivo que o mongod instância cria.

Primeiro, ele cria um arquivo de 64 MB, depois 128 MB, depois 512 MB e assim por diante até atingir arquivos de 2 GB (o tamanho máximo dos arquivos de dados pré-alocados).

Há mais algumas coisas que o mongo faz que podem ser suspeitas de usar mais espaço em disco, coisas como registro no diário ...

Para muito, muito mais informações sobre como o mongoDB usa o espaço de armazenamento, você pode dar uma olhada nesta página e, especificamente, na seção intitulada Por que os arquivos no meu diretório de dados são maiores do que os dados no meu banco de dados?

Existem algumas coisas que você pode fazer para minimizar o espaço usado, mas essas técnicas (como usar o --smallfiles opção) geralmente são recomendados apenas para uso em desenvolvimento e teste - nunca para produção.