Altere seu esquema para isso e deve funcionar:
var mongoose = require('mongoose'),
Schema = mongoose.Schema;
/**
* Article Schema
*/
var ArticleSchema = new Schema({
created: {
type: Date,
default: Date.now
},
user: {
type: Schema.ObjectId,
ref: 'User'
},
alert: []
});
mongoose.model('Article', ArticleSchema);
Consegui salvar arrays no mongodb apenas especificando
[]
no esquema e, em seguida, você pode salvar vários objetos na matriz.