Sou novo no Mongodb e nas estruturas de agregação, mas considerando a resposta Tim B deu cheguei a isso:
db.coll.aggregate(
{ $project : {
"ranking" : {
"$divide" : ["$score", {"$subtract":[new Date(), "$updated"]}]
}
}
},
{ $sort : {"ranking" : 1}})
Usando $project você pode remodelar documentos para inserir valores pré-computados, no seu caso o campo de classificação. Depois disso, usando $sort você pode classificar os documentos por classificação na ordem que desejar, especificando 1 para crescente ou -1 para decrescente.
Desculpem a terrível formatação do código, tentei deixar o mais legível possível.