Como truncar um número para 3 casas decimais

Para arredondamento de 3 casas decimais, você pode usar esta fórmula.

$divide: [ {$trunc: { $multiply: [ "$$coordinate" , 1000 ] } }, 1000 ]

Por exemplo, com seus dados de amostra e usando esta agregação:

db.getCollection('Test2').aggregate([
    { $project : 
        { 
            "location.type" : "$location.type",
            "location.coordinates" :  
            { 
                $map: 
                {
                    input: "$location.coordinates",
                    as: "coordinate",
                    in: { $divide: [ {$trunc: { $multiply: [ "$$coordinate" , 1000 ] } }, 1000 ] }
              }
            }   
        } 
    }
])

você pode obter o resultado desejado.

{
    "_id" : ObjectId("59f9a4c814167b414f6eb553"),
    "location" : {
        "type" : "Point",
        "coordinates" : [ 
            -74.005, 
            40.705
        ]
    }
}