Supondo que você execute isso no prompt de comando do DOS, você precisa trocar as aspas simples e duplas. Você precisa colocar a consulta inteira entre aspas duplas e usar aspas simples dentro do documento JSON assim:
--query "{'status':'A'}"
Eu testei isso com
mongoexport versão 3.0.0 e 3.2.0 e funciona para ambas as versões. 
