Mesmo problema com as permissões do WiredTiger.turtle. Ubuntu 18.04Meu problema foi que iniciei um serviço mongod com sudo. Isso criou arquivos com propriedade root:root no diretório do meu banco de dados. Ao iniciar o serviço mongod sem sudo, recebi o erro de permissão negada.

A solução foi alterar a propriedade de todos os arquivos no diretório db de volta para mongodb:mongodb

$ sudo chown -R mongodb:mongodb /var/lib/mongodb/*