As operações referem-se a leituras/gravações. Tenha em mente que o MongoDB não é uma camada de dados compatível com ACID e, se você precisar de uma verdadeira conformidade com o ACID, é melhor escolher outra tecnologia. Dito isso, você pode obter atomicidade e isolamento por meio da técnica Two Phase Commit descrito neste artigo nos documentos do MongoDB . Este não é um empreendimento pequeno, então esteja preparado para algum trabalho pesado, pois você precisará trabalhar com o driver nativo em vez do Mongoose. Novamente, minha sugestão final é não beber o koolaid NoSQL se você precisar de suporte a transações, o que parece que você precisa.