Acho que o problema é que você está usando um MongodStarter padrão que não está ciente da sua configuração de proxy (foi o meu caso). Você só precisa configurar o mongodStarter.
Ao invés de usar
private static final MongodStarter starter = MongodStarter
.getDefaultInstance();
você deve ter algo assim em setUp()
Command command = Command.MongoD;
IRuntimeConfig runtimeConfig = new RuntimeConfigBuilder()
.defaults(command)
.artifactStore(new ArtifactStoreBuilder()
.defaults(command)
.download(new DownloadConfigBuilder()
.defaultsForCommand(command)
.proxyFactory(new HttpProxyFactory("proxy_host", 8080))))
.build();
MongodStarter starter = MongodStarter.getInstance(runtimeConfig);
Esta configuração é bem explicada em flapdoodle doc .