O motivo que causou o erro que você obteve é que montar o Compartilhamento de Arquivos do Azure na instância de contêiner cobrirá todos os arquivos no ponto de montagem. O cuidado é mostrado aqui :
Portanto, não é recomendável montar o compartilhamento de arquivos do Azure no diretório existente que contém os arquivos usados para inicializar o Mongo DB. O diretório recomendado será o caminho
/var/logs/
.